Τα φίλτρα των μαγνητικών διαχωριστών σωματιδίων διαχωρίζουν ακαθαρσίες στο σύστημα από την πρώτη κιόλας διέλευση. Σε σύγκριση με τα απλά φίλτρα, ελαχιστοποιούν το πρόβλημα του φραξίματος του πλέγματος χάρη στον αρχικό διαχωρισμό των ακαθαρσιών πριν από το φίλτρο. Αυτές οι συσκευές επεξεργάζονται το νερό του συστήματος σε τρία ξεχωριστά βήματα: μέσω του αρχικού διαχωρισμού των ακαθαρσιών, στη συνέχεια με τη χρήση μαγνητών που βρίσκονται στο κεντρικό στέλεχος και τέλος μέσω διέλευσης από ένα φίλτρο εξόδου.
