Komponente za ogrevanje in hlajenje sistema so izpostavljene degradaciji, ki jo povzročajo nečistoče, ki krožijo v toplotnem mediju. Če nečistoče niso odstranjene, kot je potrebno, lahko povzročijo okvare ali nepravilno delovanje črpalk, zmanjšanje učinkovitosti toplotnih izmenjevalnikov in okvare ventilov.
Za zaščito toplotnih črpalk je priporočljiva uporaba magnetnega separatorja nečistoč z filtrom. Izmenjevalci toplotnih črpalk imajo majhne notranje prehode v prenosniku toplote, ki se lahko hitro zamašijo in je prehod delovnega medija(vode) skozi njih oviran. Zato je potrebna visoka stopnja odstranjevanja nečistoč saj s tem ohranjamo visoko učinkovitost toplotnega izmenjevalnika in posledično dober izkoristek toplotne črpalke.